Blast search後の処理

概要

市販ソフトもあるし、探せばネット上にも同機能のプログラムがありそうなのは百も承知の上だけど、作ってしまったプログラムその2。
機能は、http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/bl2seq/bl2.htmlでの解析結果をコピー＆ペーストすると、塩基を探しやすくするために10残基ごとにスペースが入る、だけです。

必要なファイル

ファイル名	パーミッション	注意
afterbl.pl	755	本体
in.txt	644	変換元ファイル
blast.txt	666	変換後ファイル

Windowsなどの場合は、blast.txtは自動生成するので、作製しておく必要はありません。UNIXの場合は、空ファイルを作っておいて、パーミッションを設定しておかなきゃいけないかも。

使用法

コンソールで使用します。

# perl afterbl.pl

Webで変換してみる

perlが動かない環境で使うために、ここで変換できるようにしました。

変換例

変換前

Query: 26  aagggattgtcttccatggtctccgagatcccgtcccacgctcatgccctagaattctct 85
           ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct: 2   aagcgattgtcttccatggtctccgagatcccgtcccacgctcatgccctagaattcact 61

                                                                       
Query: 86  gagtccttgatgcacttttgcctttggcgaggaggcaggacagtcaggcgtggaggctct 145
           ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct: 62  gagtccttgntgcacttttgcctttggcgaggaggcaggacagtcaggcgtggaggctct 121

変換後

Query: 26  aagggattgt cttccatggt ctccgagatc ccgtcccacg ctcatgccct agaattctct  85
           ||| |||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||| || 
Sbjct: 2   aagcgattgt cttccatggt ctccgagatc ccgtcccacg ctcatgccct agaattcact  61

                                                                             
Query: 86  gagtccttga tgcacttttg cctttggcga ggaggcagga cagtcaggcg tggaggctct  145
           |||||||||  |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| 
Sbjct: 62  gagtccttgn tgcacttttg cctttggcga ggaggcagga cagtcaggcg tggaggctct  121

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