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遺伝子解析・注文用ユーティリティ


概要

市販ソフトもあるし、探せばネット上にも同機能のプログラムがありそうなのは百も承知の上だけど、作ってしまったプログラム。
機能は、
  1. 塩基配列(atgc)ファイルを読み込み、3文字ずつに区切る。
  2. 区切り方は3通り考えられるので、その全てを出力。
  3. さらに、逆順でもおなじことを行う。
  4. さらにさらに、逆順にした上で、atgc -> tacgへの変換をして3文字ずつ区切って出力。
のみ。
プライマーの注文の時なんかに使うと便利…かも。


必要なファイル

ファイル名パーミッション注意
gene3.pl755本体
original.txt644変換元ファイル
forward.txt6663文字ずつ並べ替え
reverce.txt666逆順並べ替え
inverce.txt666逆順かつatgc->tacg書き換え


Windowsなどの場合は、forward.txt、reverce.txt、inverce.txtは自動生成するので、作製しておく必要はありません。UNIXの場合は、空ファイルを作っておいて、パーミッションを設定しておかなきゃいけないかも。


使用法

コンソールで使用します。

# perl gene3.pl


Webで変換してみる

perlが動かない環境で使うために、ここで変換できるようにしました。






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